Vous ne le repéreriez pas au microscope sans un examen attentif.
Une colonie bactérienne presque transparente. C’est ce que les chercheurs appellent les coupables de la maladie de Columnaris, une menace mortelle pour les poissons d’élevage. Aujourd’hui, ces agents pathogènes, auparavant limités à l’Asie et aux États-Unis, ont été découverts au Brésil.
Plus précisément dans des échantillons de São Paulo, des États du Minas Gerais et du Paraná.
Les enjeux sont élevés. La maladie de Columnaris ravage la peau et les branchies. Il tue les jeunes animaux en quelques jours. Les résultats, publiés dans Microbial Pathogenesis, révèlent que des espèces de Flavobacterium circulent dans l’aquaculture brésilienne là où elles ne devraient pas se trouver. Les bactéries ont été isolées du tilapia du Nil (Oreochromis niloticis ), connu localement sous le nom de Saint-Pierre, ainsi que d’espèces indigènes comme le tambaqui, le pacu et le poisson-chat tacheté d’Amazonie.
Cela élargit considérablement la gamme d’hôtes. Et cela exige une nouvelle surveillance.
Identifier l’ennemi invisible
L’examen visuel standard est délicat.
“La première identification des bactéries de ce genre… dépend du milieu utilisé. La colonie peut devenir transparente et presque invisible”, explique Daniel de Abreu Reis Ferreira. Il est l’auteur principal de l’étude et a réalisé ses travaux au Centre d’aquaculture de l’Université d’État de São Paulo (CAUNESP).
Jusqu’à récemment, les scientifiques regroupaient quatre des espèces impliquées dans un seul groupe : Flavobacterium columnare. Ce nom a donné son titre à la maladie à colonne. L’infection provoque des lésions pâles sur la peau et les nageoires. Cela provoque la mort des tissus des branchies.
Fabiana Pilarski, superviseure de Ferreira et professeur au CAUNESC, le dit sans détour.
“Les bactéries se nourrissent de cellules épithéliales. Elles tuent les poissons en quelques jours. Surtout les larves et les alevins.”
Pilarski travaille également au Centre scientifique pour le développement de l’AquaHealth de l’Institut des pêches. Le travail de son équipe met en évidence à quel point ces bugs sont adaptables.
Les poissons indigènes sont désormais des hôtes
La recherche a isolé 11 souches bactériennes. Six d’entre eux appartenaient à Flavobacterium oreochromis. Jusqu’à présent, cette espèce n’était liée qu’au tilapia, le poisson le plus élevé au monde.
Les nouvelles données changent cela.
L’équipe de Ferreira a détecté F. oreochromis dans le tambaqui (Colossoma macropomum ), le lambari (Astyanax lacustris ) et le pacu (Piaractus mesopotamicus ). Ce sont des espèces indigènes commercialement importantes. Les bactéries infectent clairement un éventail plus large qu’on ne le pensait auparavant.
Ensuite, il y a le cas du poisson-chat.
Des chercheurs ont documenté la première infection connue par Flavobacterium davisii chez un poisson-chat tacheté d’Amazonie (Pseudoplatystoma punctifer ). C’est énorme.
“Ce cas montre que la bactérie infecte les Siluriformes, un ordre de poissons différent de ceux qu’elle colonise habituellement. Elle élargit la gamme d’hôtes potentiels”, note Ferreira.
Chaleur et biofilms : la tempête parfaite
Les tests en laboratoire ont confirmé quelque chose d’alarmant.
Les agents pathogènes auparavant observés uniquement aux États-Unis et en Asie se développent bien dans les conditions brésiliennes. F. davisii et F. inkyongense a atteint sa croissance optimale à 28°C. C’est proche de la température moyenne des eaux intérieures du Brésil.
Deux autres espèces, F. oreochromis et F. indice, préférait une eau encore plus chaude. F. l’indice a culminé à 35°C. La hausse de la température de l’eau pourrait faciliter la vie du pathogène.
À 28°C, les bactéries ont produit d’énormes quantités de biofilm.
“Un biofilm est une matrice protectrice. Il permet aux bactéries de rester dormantes lorsque les conditions sont mauvaises. Puis de se multiplier à nouveau lorsque l’environnement devient propice”, explique Pilarski.
Les biofilms s’accrochent aux réservoirs, aux filets et aux outils. Ils laissent les bactéries persister entre les épidémies. L’hygiène n’est pas ici qu’une simple suggestion.
“Cela souligne l’importance de protocoles robustes d’hygiène et de décharge pour empêcher la colonisation des équipements”, ajoute Ferreira.
Voici la tournure.
La production de biofilm a chuté à 35°C pour presque toutes les espèces testées. Sauf F. davisii. Il a continué à produire des biofilms épais à 35°C, même s’il bougeait moins.
“C’est une adaptation. Un compromis métabolique. Il perd en bougeant moins, mais gagne en produisant un biofilm pour survivre”, explique Ferreira.
Sel, vaccins et futurs protocoles
Alors, comment riposter ?
Des études antérieures suggèrent que Flavobacterium déteste le sel. L’ajout de sel à l’eau des fermes pourrait empêcher les agents pathogènes de s’installer. Mais les scientifiques doivent encore déterminer les concentrations sûres pour chaque espèce de poisson spécifique.
La vaccination est une autre voie.
Les chercheurs séquencent les génomes bactériens pour trouver les points faibles des vaccins. L’objectif, ce sont les vaccins autogènes. Ceux-ci sont fabriqués sur mesure à partir de souches trouvées dans une ferme spécifique.
Columnaris attaque les tissus exposés. Un vaccin par bain est donc logique.
Au lieu d’injecter chaque poisson – ce qui est peu pratique et stressant – les producteurs pourraient plonger des groupes dans de l’eau contenant une bactérie affaiblie.
“Comme la maladie affecte principalement la peau, un bain utilisant une bactérie affaiblie est idéal pour les jeunes poissons”, explique Pilarski. “Leur système immunitaire est encore en développement. Et comme ils sont petits, vous pouvez vacciner un grand nombre d’alevins simultanément.”
Ce n’est pas une solution miracle. Les biofilms persistent. Les températures augmentent. De nouveaux hôtes apparaissent. Les bactéries sont déjà là. Et ils évoluent.
